水下清淤船利用船動力帶動水泵，產生高壓水流進入噴水管，通過安裝噴水管上的噴水槍射出水流，將沉積河底的淤泥吹攪成混濁的水狀，隨河水流走，從而起到清淤作用。
在噴水管設有相通的固定管和活動管，固定管和活動管上各設有噴水槍，活動管與固定管可折疊密封配合。當船行馳至橋墩或較窄河面時，可以將噴水管的活動管折疊起來以方便行馳，而固定管上的噴水槍繼續(xù)噴射水流。

在較寬河面時，則將活動管展開，使活動管與固定管上的噴水槍同時噴射水流來清理淤泥。從而避免了噴水管的長度受橋墩和船體大小限制，操作靈活，大大提高了使用效率和清淤效果。